进项发票留底的会计操作主要包括以下几个步骤：

进项发票留底怎么操作

确定留底金额

当进项税额大于销项税额时，超出部分将作为留抵税额，不进行账务处理，直接保留在进项税额的借方。

结转进项税额

月末，将当月多交的增值税额转入“未交增值税”科目。

结转时，借记“应交税费――未交增值税”，贷记“应交税费――应交增值税（进项税额）”。

纳税申报表填写

在纳税申报表上体现留底的进项税额。

如果进项税额大于销项税额，留底税额会自动在纳税申报表的留抵税额栏显示。

开具负值发票

如果需要抵扣未开票收入，可以开具负值发票，将较早的进项发票金额调减到期末收入金额，以此实现抵扣。

冲回负值发票

下个月开具正值发票，冲回相应的金额和税额。

记录和监控

记录每次开具负值发票的信息，确保下个月能按照正确的金额进行冲回。

财务部门需要定期更新收入及抵扣的进项发票金额，避免出现负值发票金额过大的情况，减少纳税风险。

请根据您的具体情况，按照上述步骤进行操作。