质保金的扣除方式主要有以下几种：

最后工程结算时扣除

质保金怎么扣除

按照工程结算价和约定的质保金比例计算质保金金额，在最后一次付款时扣除质保金后付清其他款项。

每次付款时扣除

按照合同约定的每次付款时间，在应付款金额乘以质保金比例的金额扣除。

工程开始或结束时单独收取

在工程开始或者结束时，在工程款之外单独收取质保金。

质保金通常为合同双方当事人共同约定，依据法律规定，质保金一般为工程总造价的5%。

法律依据包括《民法典》第五百八十五条关于违约金的规定，以及《建设工程质量保证金管理办法》等相关法规。

质保金的具体扣留方式和比例应在合同中明确规定，以确保双方权益。